پنجشنبه هفدهم رجب یا شعبان 218 ه. ق. با مرگ مامون، برادرش معتصم، تاج خلافت را بر سر گذاشت.(1) و پس از ثبات نسبی حکومتش سراغ امام جواد را گرفت. وی به محمد بن عبدالملک زیات - که وزیر معتصم در مدینه بود. - نوشت: ابوجعفر را همراه ام فضل از جانب من دعوت کن و با احترام به بغداد بفرست. او نیز نامه را به علی بن یقطین داد و او را مامور تجهیز امام علیه السلام ساخت (2) و به این ترتیب امام علیه السلام آخرین سفر خویش را پیش روی دید.
اسماعیل بن مهران می گوید: "در اولین سفری که امام جواد از مدینه خارج می شد، گفتم: ای مولای من، قربانت گردم، من برای شما نگرانم! تکلیف ما چیست و امام بعد از تو کیست؟ امام لبخندی زد و فرمود: "لیس حیث ظننت فی هذه السنه؛ آنچه گمان داری در این سال نیست.." اما در سفر دوم که راهی بغداد بود، همین مطلب را گفتم. امام در پاسخ آن قدر گریه کرد که اشک چشمانش، محاسنش را خیس کرد و فرمود: این سفر خطرناکی است و امامت بعد از من بر عهده فرزندم علی است."(3)
آری این بار نیز در ظاهر امام را با اکرام و تجلیل وارد شهر کردند و در نزدیکی کاخ، در مکانی تحت نظر گرفتند. در این دوره نیز علم امام علیه السلام همه، حتی خلیفه را تحت تاثیر قرار داده بود. از این جهت خواسته یا ناخواسته تبلیغات عملی مناسبی به نفع امام علیه السلام صورت گرفته بود. چنان که نگرانی از این جایگاه رفیع اجتماعی امام را بعدها در سخنان ابی داود می خوانیم. به هر صورت خلیفه جدید نیز مانند مامون در جلسات علمی خود از نظرات امام سود می برد و این امر چون همیشه با غلبه نظرات امام همراه بود، موجب کینه هایی نیز علیه حضرت می شد.
"ابن ابی داود از مجلس معتصم غمگین به خانه اش آمد. از او دلیل غصه اش را پرسیدم. گفت: امروز از فرزند رضا علیه السلام در مجلس خلیفه چیزی صادر شد که موجب رسوایی ما شد. زیرا که دزدی را نزد خلیفه آوردند. خلیفه دستور داد دست او را قطع کنند. از من پرسید که از کجا قطع شود؟ گفتم: از بند کف. جمعی هم با من هم نظر شدند و بعضی گفتند از مرفق. هر کدام هم دلیلی آوردیم. خلیفه رو به ابن رضا علیه السلام کرد و گفت: تو چه می گویی؟ گفت: حاضران گفتند. خلیفه پاسخ داد: مرا با گفته ایشان کاری نیست. تو چه می گویی؟ بالاخره بعد از سوگند خلیفه، او پاسخ داد: باید چهار انگشت او را قطع کنند و کف او را برای عبادت باقی بگذارند. دلایلی هم آورد که ما نتوانستیم جواب دهیم. بر من حالتی عارض شد که گویا قیامت برپا شده است و آرزو کردم کاش بیست سال قبل مرده بودم و چنین روزی را نمی دیدم.
ابن ابی داود سه روز بعد نزد خلیفه رفت و گفت: خیرخواهی خلیفه بر من لازم است و امری که چند روز قبل روی داد، مناسب دولت خلیفه نبود. زیرا که خلیفه در مساله ای که بر او مشکل بود، علمای عصر را خواست و در حضور وزرا، نویسندگان، امرا و اکابر، نظرشان را پرسید. در چنین مجلسی از مردی که نصف اهل عالم او را امام، و خلیفه را غاصب حق او می دانند و او را اهل خلافت می دانند، سؤال کرد و نظرش را بر فتوای همه علما ترجیح داد. این در مبان مردم منتشر شد و حجتی برای شیعیان شد.
در این هنگام بود که وسوسه های ابن ابی داود با کینه های عمیق بنی عباس که در دل تک تک خلفای جور علیه امامان مظلوم بود، پیوند خورد و خلیفه عباسی را در تصمیم خود مبنی بر کشتن امام، مصمم ترساخت. لذا با شنیدن این سخنان، رنگ صورتش سرخ شد و گفت: خدا تو را جزای خیر دهد که مرا آگاه گردانیدی بر امری که غافل بودم. در پی این واقعه بود که یکی از نویسندگان خود را خواست و دستور داد: امام را به خانه اش دعوت کند و در غذایش زهر بریزد. او نیز چنین کرد.
امام چون هرگز در مجالس چنین مردانی حاضر نمی شد، با اصرار زیاد حاضر شد و لقمه ای از غذای زهرآلود خورد. وقتی اثر زهر را در گلوی خود یافت، برخاست. آن ملعون اصرار کرد ولی امام فرمود: با کاری که تو کردی، به نفع تو نیست که در خانه ات بمانم و به این ترتیب حضرت به منزلش برگشت و در تمام آن روز و شب رنجور بود تا آن که به شهادت رسید."(4)
قطب راوندی می نویسد: "حضرت امام محمدتقی در عصر آن شب که به شهادت رسید، فرمود: من امشب از دنیا خواهم رفت و فرمود: ما اهل بیت هرگاه خدا دنیا را برایمان نخواهد، ما را به جوار رحمت خود می برد."(5)
1- اخباری که دلالت دارند، ام فضل حضرت را به شهادت رساند. معتصم چون می دانست ام فضل از امام جواد صاحب فرزندی نشده و دل خوشی از وی ندارد، او را تحریک کرد و او با انگور حضرت را مسموم و شهید کرد.(6)
2- اخباری نیز گویای این مطلب هستند که معتصم شربت زهرآلودی را به وسیله اشناس فرمانده ارتش خود به امام علیه السلام خوراند و هرچند امام علیه السلام نخورد، او اصرار و اجبار کرد و سرانجام حضرت را مسموم کرد.(7)
3- ابن بابویه و... نیز معتقدند که واثق بالله (بعد از معتصم) او را شهید کرد.(8)
در کتاب بصائر الدرجات به نقل از شخصی که همواره همراه امام علی النقی علیه السلام بود می نویسد: "وقتی که امام جواد در بغداد بود، روزی نزد امام علی النقی علیه السلام در مدینه نشسته بودیم. حضرت کودک بود و لوحی در پیش داشت و آن را می خواند. ناگاه تغییری در حال او ظاهر شد. برخاست و داخل خانه شد و ما ناگهان صدای شیون شنیدیم که از خانه بر می خیزد.
بعد از ساعتی امام نقی علیه السلام بیرون آمد. از سبب اوضاع به وجود آمده پرسیدیم، فرمود: در این ساعت پدر بزرگوارم از دار فانی رحلت کرد. گفتم: یابن رسول الله! از کجا دانستید؟
فرمود: از اجلال و تعظیم حق تعالی مرا حالتی عارض شد که پیش از این ندیده بودم، فهمیدم پدرم شهید شده و امامت به من منتقل شده است. پس از مدتی خبر رسید که امام جواد شهید شده است."(9)
در اخبار دیگر است که امام علی النقی علیه السلام با طی الارض به بغداد آمد و پدر را غسل داد. کفن کرد و به مدینه برگشت.(10)