سنت اعتکاف در طول تاریخ کم و بیش در ایران اسلامی، برپا می شده ولی از پیشینه آن در ایران، قبل از دوران صفویه، چیز زیادی در دست نیست. آنچه به صورت مستند وجود دارد برپایی این سنت الهی در دوران صفویه می باشد که به همت بلند شیخ لطف ا... میسی و شیخ بهائی، در دو پایتخت صفویه، یعنی قزوین و اصفهان صورت گرفته است.
شیخ لطف ا...، هم عصر عالم بزرگ شیعی، شیخ بهائی است. او بسیار مورد توجه و عنایت شیخ بهائی بوده تا آنجا که شیخ، مردم را در برخی از مسائل شرعی به شیخ لطف ا... ارجاع می داده است. شاه عباس اول، مسجد شیخ لطف ا... را در اصفهان به نام این عالم بزرگ و برای اقامه نماز توسط ایشان ساخت. این عالم سختکوش به برپایی سنت اعتکاف، اهتمامی ویژه داشت. چنان که بر اثر تلاشهای خستگی ناپذیر او اعتکاف سنتی رایج و زنده باشد. کتاب الرساله الاعتکافیه از آثار اوست.
شیخ بهائی اهتمام ویژه ای به امر اعتکاف، در ایران داشت. او در کنار شیخ لطف ا... به ترویج این سنت همت گمارد. شیخ لطف ا...، درباره شیخ بهائی می گوید: شیخ بهائی نیز در برپایی مراسم اعتکاف، نقش داشته است.
شیخ لطف ا... در پاسخ به شبهه ای که پیرامون خیمه زدن در مسجد برای اعتکاف، مطرح شده به روش شیخ بهائی، که برجسته ترین عالم آن زمان بوده استناد کرده و می گوید: شیخ اجل اعظم اکرم، خاتمه المجتهدین، شیخ بهاء المله و الدین، در اصفهان و غیر اصفهان این کار را انجام داده است.
شیخ بهائی خود از عالمان عامل و دلداده معنویت و معرفت بود و با شور و عشق به این سنت روی آورد و از خلوت اعتکاف بهره ها جست. شعر معروف "گه معتکف دیرم و گه ساکن مسجد" هم از اوست.
در دوره معاصر نیز پس از آمدن آیه ا... عبد الکریم حائری یزدی به شهر مقدس قم و تأسیس حوزه علمیه قم در جوار حرم مطهر حضرت معصومه (ع)، سنت الهی اعتکاف، رنگ و بوی دیگری به خود گرفت واین سنت الهی که طی چند قرن، بعد از دوران شیخ لطف ا... و شیخ بهائی، نوساناتی به خود گرفته بود، تولدی جدید یافت، اما حکومت رضاخانی را نیز در برابر خود داشت.
پس مردانی استوار و پا برجا چون کوه می طلبید تا با این خشونتها، صحنه را ترک نکرده و کمر همت، در احیای سنت محمدی(ص) ببندند.
عالم ربانی میرزا مهدی بروجردی در سده اخیر پایه گذار این سنت حسنه در شهر قم بود. بتدریج این سنت محمدی (ص) به دیگر شهرهای ایران سرایت کرد.
او از ملازمان و کارپردازان و مشاوران آیه ا... شیخ عبدالکریم حائری یزدی بود. وی به علت ایجاد جو خفقان رضاخانی به تنهایی در مسجد امام حسن عسکری(ع) معتکف می شد و هیچ کس همراه او نبود. بعدها یکی دیگر از علما به او ملحق شد و پس از چندی، پای دیگران نیز به این سنت کشیده شد.
به حدی که آیه العظمی بروجردی درسهای حوزه علمیه را جهت شرکت طلاب در مراسم اعتکاف، تعطیل کردند. اکنون به همت جوانان متدین کشورمان در بسیاری از شهرهای ایران در روزهای سیزدهم و چهاردهم و پانزدهم ماه پرفیض رجب، مراسم اعتکاف در مساجد جامع شهرها برپا می شود. در این سه روز خیل عظیم انسانها دست از فعالیتهای روزمره شسته و خانه خدا را، منزلگاه خود قرار می دهند تا شاید از این رهگذر، به قرب الهی نایل آیند.